Kematian Jiraiya di Naruto Shipuden

Musim keenam anime ini menampilkan Jiraiya meninggalkan Konoha menuju Amegakure dalam misi menyusup ke desa dan menyelidiki keberadaan pemimpin Akatsuki, Pain.

Jiraiya segera berhadapan dengan Pain dan mengetahui bahwa pemimpin Akatsuki tidak lain adalah mantan muridnya Nagato yang dia latih.

Reuni Jiraiya dan Nagato tidak menyenangkan dan keduanya terlibat dalam pertempuran yang mengakibatkan kematian Jiraiya di Naruto Shippūden episode 133,

“Kisah Jiraiya yang Gagah”.  Saat Jiraiya dan pemimpin Akatsuki Nagato bertarung satu sama lain, Nagato melepaskan Enam Jalan Rasa Sakitnya yang terbukti terlalu berat bahkan untuk diatasi oleh ninja ulung seperti Jiraiya.

Enam Jalan Rasa Sakit Nagato memotong lengan Jiraiya dan meremukkan tenggorokannya sebelum menusuk punggungnya beberapa kali dengan tembakan batang chakra hitam.

Beberapa saat sebelum dia meninggal, Jiraiya menggunakan sisa energinya untuk menulis pesan berkode di punggung teman kataknya, Fukasaku, yang akan memberi Naruto petunjuk mengenai identitas asli Pain.

Versi Jiraiya akan kembali ke serial ini, tetapi tidak seperti yang diharapkan para penggemar.